Cuando Inkaterra inicia sus operaciones en 1975, el departamento de Madre de Dios, la abundancia de recursos naturales parecía inagotable, sin embargo la intervención humana en la explotación irracional de los recursos ha demostrado lo rápido que se puede alterar ecosistema. Jose Koechlin personalmente dirigió varias iniciativas de conservación e invitó a investigadores e instituciones para realizar estudios y desarrollar proyectos a favor de la preservación de la zona. Hoy en día la conservación es una necesidad para mantener el equilibrio del bosque y la supervivencia de las especies.
Manejo de Recursos Naturales
Manejo de Flora
Jardín de Orquídeas en Machu Picchu, Jardín de Plantas Medicinales en Hacienda Concepción, Palmetum.
Manejo de Fauna
Proyecto de Conservación del Oso de Anteojos, Mariposario en Puerto Maldonado, Monitoreo de Colibríes en Machu Picchu y Reserva Amazónica.
Reforestación
Viveros
Para la reforestación de espacios deforestados en la Reserva Ecológica Inkaterra, y favorecer la restauración del bosque, la parte inicial del proceso está en la instalación y mantenimiento de viveros forestales con prioridad a especies forestales locales que anteriormente poblaron el lugar.
Plantaciones
Recuperación de las zonas afectadas con especies de flora abastecidas por los viveros forestales. Para esta campaña es necesario el uso de herramientas, trabajadores y personal voluntario en las fechas previstas. Seguidas por un monitoreo periódico de la crecimiento de los plantones.